Kandydaci przyjęci do Europejskiego Kolegium Doktoranckiego UJ uzyskują z chwilą wydania decyzji o przyjęciu przez Rektora UJ status uczestnika studiów doktoranckich na Wydziale Prawa i Administracji UJ. Każdy z doktorantów objęty jest opieką polskiego pracownika naukowego przynajmniej ze stopniem doktora habilitowanego, dodatkowo polscy doktoranci mogą się ubiegać o opiekę pracownika naukowego ze sekcji niemieckiej. Rozprawy doktorskie przygotowywane są głównie w języku niemieckim (lub ewentualnie w języku angielskim).

Stworzono możliwości dla ścisłej współpracy między doktorantami obydwu sekcji. Częste spotkania (również prywatne) przyczyniają się do żywej wymiany poglądów. Dyskusje prowadzone w małych grupach pozwalają na szersze spojrzenie na opracowywany przez siebie temat oraz na uwzględnienie różnych aspektów związanych z tematem.

Uczestniczący w programie doktoranci i promotorzy biorą udział w cyklicznych, organizowanych dwa razy w roku spotkaniach (tzw. Sachstandstagungen) - jedno ze spotkań odbywa się w Polsce, drugie w Niemczech. Spotkania te poświęcone są zagadnieniom badawczym realizowanym w ramach programu Europejskiego Kolegium Doktoranckiego oraz ocenie stopnia zaawansowania pracy nad rozprawami doktorskimi. Dzięki tym spotkaniom doktoranci otrzymują możliwość poddania osiągniętych do tej pory wyników analizie grona profesorów, których cenne uwagi oraz sugestie pozwalają doktorantom na doskonalenie prowadzonych badań. Drugim gronem oceniającym wyniki badań są inni doktoranci. Analiza wyników badań prowadzona przez tę grupę osób jest tym bardziej cenna, że tematy opracowywane przez doktorantów są wzajemnie powiązane. Dlatego uwagi podniesione przez innych młodych naukowców pozwalają spojrzeć na własne badania z odmiennej perspektywy. Ponadto tworzy się możliwość wykorzystania wyników osiągniętych przez innych doktorantów na potrzeby własnego opracowania. Każdy doktorant zobowiązany jest do przygotowania co najmniej jednego sprawozdania okresowego (Zwischenbericht) oraz sprawozdania końcowego (Abschlussbericht). Doktoranci uczestniczą ponadto w seminariach doktoranckich prowadzonych przez swojego promotora oraz w zebraniach katedr.

Oprócz ww. spotkań organizuje się seminaria tematyczne dla doktorantów, na które zapraszani będą profesorowie specjalizujący się w danej dziedzinie. Planowany jest udział trzech do czterech profesorów z kraju i zagranicy w każdym seminarium. Zaplanowane jest przeprowadzenie dwóch seminariów w roku. Ponadto przewidziane jest zorganizowanie dwóch konferencji prawniczych w ciągu trwania projektu (od kwietnia 2007 do kwietnia 2009), otwartych dla uczestników spoza Kolegium. Udział przedstawicieli nauki i praktyki w tych konferencjach służyć ma upowszechnieniu wyników prowadzonych badań oraz wywołanie szerokiej dyskusji na poruszane w trakcie konferencji problemy.

Doktoranci EKD partycypują także w seminariach oraz konferencjach organizowanych przez inne instytucje oraz uniwersytety, zarówno w kraju jak i za granicą.

W celu zapewnienia dostępu do rezultatów prowadzonych badań i umożliwienia dyskusji nad nimi zamieszczane są na nn. stronie internetowej informacje i raporty o prowadzonych aktualnie badaniach.