Większa część środków dla działalności EKD pochodzi z niemieckiego stowarzyszenia ds. wspierania badań naukowych „Deutsche Forschungsgemeinschaft" (DFG) . DFG udzieliło wsparcia finansowego najpierw na okres w latach 2002 - 2005, a następnie zdecydowało się przedłużyć finansowanie programu do 30 września 2010 r.

Dodatkowym źródłem finansowania polskiej sekcji EKD były do roku 2006 dotacje przyznane przez władze rektorskie Uniwersytetu Jagiellońskiego, władze Wydziału Prawa i Administracji UJ oraz wpłaty środków prywatnych sponsorów.

Od 2007 polska sekcja EKD jest współfinansowana przez Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego RP. Środki przyznane przez Ministerstwo pozwalają na sfinansowanie w szczególności:

• programów naukowych realizowanych przez polskich doktorantów i promotorów
• pobytów badawczych polskich doktorantów na uniwersytetach niemieckich,
• organizację spotkań plenarnych w Polsce,
• organizację konferencji naukowych służących prezentacji wyników prowadzonych badań,
• dofinansowanie publikacji dot. tematu wiodącego Kolegium.