Od 2007 wspieranie prac doktorantów w EKD UJ odbywa się na nowych zasadach. Doktoranci przyjęci do EKD UJ mogą się starać o wsparcie finansowe prowadzonych badań. Z doktorantami zawierane są wówczas umowy na wykonanie badań w ramach projektu badawczego specjalnego „Tworzenie i recepcja europejskiego prawa w prawie gospodarczym polskim i niemieckim; Realizacja europejskiego rynku wewnętrznego; Rozwój prawa publicznego w świetle prawa UE; Teoretyczno- i filozoficznoprawne podłoże prawa europejskiego i polskiego".

W czasie pobytu badawczego w Niemczech polscy doktoranci mogą uzyskać dofinansowanie ze strony Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) wypłaconej przez niemiecką sekcję EKD.